Genaue Angaben zur Gründung des heutigen Dorfes Flomborn sind in den Geschichtsquellen nicht zu finden. Erstmals wird der Ort am Ende des 12. Jahrhunderts erwähnt, der nach einem Brunnen und dessen Besitzer benannt ist in der Bedeutung "Brunnen des Flambert". Der Name des Dorfes erfuhr im Laufe der Zeit viele Veränderungen; früher Flamburn (1196) Vlanbrunnen (1283), Flomburna (1324), Flonborne (1336), Flanborn (1362), Flamborn (1406) Flanbronnen (1424), Flonborn (1787) bis zum heutigen Flomborn, das in frühester Zeit zum Bistum Worms gehörte.

Schon um etwa 5000 vor unserer Zeitrechnung bestellten steinzeitliche Ackerbauern mit ihren Steinpflügen das Land in der heutigen Flomborner Gemarkung. Sie waren aus dem unteren Donaugebiet gekommen und hatten sich in der südöstlichen Hanglage angesiedelt. Die Toten dieses Volkes wurden in Hockerstellung ("Hockergräber") bestattet.

Flomborner Bandkeramik

Bei der Erweiterung des Flomborner Friedhofes (östlicher Ortsausgang, Gewann: Unter dem Palmbaum) wurde im Jahre 1901 ihr ausgedehntes Gräberfeld mit 85 Hockerbestattungen und neolithischer Keramik und Geräten als Grabbeigaben gefunden. Nach den Spiralbändern auf den beigegebenen Kugeltöpfen und "Flaschen" wird diese Abart der Bandkeramik als "Flomborner Stufe" bezeichnet. Die Funde werden im Museum der Stadt Worms aufbewahrt.

Weitere Funde aus der Hallstattzeit (ältere Eisenzeit), von Kelten und Römern geben Zeugnis von der Zeit danach, doch gibt es keine durchgängige Siedlungstradition bis in die jüngere Zeit. Das jetzige Dorf ist eine fränkische Gründung des 5.-6. Jahrhunderts, dessen Gräberfeld im späten 19. Jahrhundert entdeckt und ergraben wurde. Urkunden setzen erst um 1200 ein (s. o.).

Nach dem Alzeyer Saal- und Lagerbuch von 1429 war Flomborn zur Burg Alzey dienstbar. Aus einem Vertrag von 1516 geht die pfälzische Oberbotmäßigkeit hervor.

Im 16. Jahrhundert gehörte das Dorf Flomborn zur Kurpfalz, wo es auch bis zur französischen Revolution am Ende des 18. Jahrhundert blieb. Als nach dem Sturz Napoléons das linke Rheinufer an Deutschland zurückfiel, wurde der Kanton Alzey und mit ihm Flomborn dem Großherzogtum Hessen einverleibt.

Seit der Länderneugliederung nach dem 2. Weltkrieg gehört Flomborn zum Lande Rheinland-Pfalz. In der Verwaltungsreform 1972 wurde Flomborn der Verbandsgemeindeverwaltung Alzey-Land zugeteilt.